Menu: Work positionGrants and AwardsResearch stayScientific and administrative dutiesSupervisionPublicationsEducationLanguages skills

Work position

Associate Professor

Since 2012: Associate Professor in Computer Science at École Centrale de Nantes, affected to IRCCyN / MeForBio team for research
Research theme: Application of formal verification methods to bioinformatics, including:

  • Model-checking biological regulatory networks
  • Inference of temporal parameters in biological regulatory networks
  • Methodological approaches based on the complementarities between models

Formerly

2007-2008: Assistant Professor
2004-2007: PhD Student at CNRS, teaching assistant

Grants and Awards

Scientifically Excellence Award

2012-2016: Recipient of the “Prime d’Excellence Scientifique”

Trophées des Technologies Educatives

2011: Special mention prize at the third French “Trophées des Technologies Educatives” for the project “MarkUs, an application to manage and grade students’ papers on-line”

HP Technology for Teaching Grant

2008: Recipient of the “HP Technology for Teaching Grant” in 2008, with G. Moreau and S. Tichadou, for the project “Most complex systems are designed with simplest tools” about the use of Tablets PC to improve pedagogy at Centrale Nantes (prize: 100.000 US$)

Research stay

Japan Society for the Promotion of Science –

2014-2015: JSPS FY2014 Long-term (10 months) invitation fellowship (budget: ¥3.940.000): JSPS Fellow Invited Researcher at Inoue Lab., National Institute of Informatics, Tōkyō

Invited researcher by National Institute of Informatics, Tōkyō

March-May 2013: 3-months research stay at National Institute of Informatics, Tōkyō
Invited researcher by NII in the context of their Lecture Series program (http://www.nii.ac.jp/en/about/international/ictlec/)

Scientific and administrative duties

Project leader

  • Since 2010: appointed as “project manager for Information and Communication technologies applied to Education” at École Centrale de Nantes (annual budget: 90.000€)
  • 2008-2010: PI (with G. Moreau and S. Tichadou) of the HP “Technology for Teaching” project “Most complex systems are designed with the simplest tools“ (prize: 100.000 US$)

Project involvement

On-going projects

  • French ANR funded project: BioTempo (budget: 374.000€)
    Dedicated to: “Languages, time representations and hybrid models for the analysis of incomplete models in molecular biology“
    Started in March 2011
    Duration: 3 years and 6 months
  • “Pays de la Loire” region funded project: GRIOTE (budget: 1.835.000€)
    Dedicated to “Groupement de Recherche en Intégration de données Omics à Très grande Echelle“
    Aims at strengthening the links between bioinformatics research units in Pays de la Loire
    Started in October 2013
    Duration: 4 years

Former projects

  • UNIT funded project: Social Network Learning (budget: 40.000€)
    Dedicated to: “Experimental use of a social network to improve the learning process”
    Started in January 2012
    Duration: 1 year
  • CNRS PEPII funded project: CirClock (budget: 20.000€)
    Dedicated to: “Formal modelling for the delay parameterization in the mammalian circadian clock
    Started in November 2011
    Duration: 1 year
  • UNIT funded project: Script Concordance Tests (budget: 40.000€)
    Dedicated to “Script concordance tests for assessing skills in Computer Science”
    Started in March 2008
    Duration: 2 years
  • HP “Technology for Teaching” funded project: “Most complex systems are designed with the simplest tools” (budget: 100.000US$)
    Dedicated to “Design and support of new pedagogical methods thanks to Tablets PC”
    Started in September 2008
    Duration: 2 years

Scientific expertise

  • Referee for international and national conferences and journals: AAAI’2015, PSB’2015, FMMB’2014, FROCOS’2013, CP’2012, JOBIM’2012, CMSB’2011, Acta Cybernetica 2011, ICATPN’2010, TCSB’2009, …
  • Reviewer of 5 projects submitted at “Appel à Projets 2011 dans le domaine de la physique, des mathématiques ou des sciences de l’ingénieur appliqués au Cancer” organized by INSERM in the general context of “Plan Cancer 2009-2013”

Scientific committee

  • Comité “Retour d’Expériences” at TICE’2014, Béziers, November 2014.
  • Premières Rencontres des Jeunes Chercheurs en Informatique Temps Réel (RJCITR’05), Nancy, September 2005.

Organizing committee

  • “10e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2009). 350 attendees. Chaired by Rémi Houlgatte (INSERM, Nantes) and Jean-Michel Richer (LERIA, Angers)
  • 7ème colloque francophone sur la Modélisation des Systèmes Réactifs (MSR 2009). 70 attendees. Chaired by Olivier (H.) Roux (IRCCyN, Nantes)
  • 2006-2013: permanent member of the organizing committee of the Annual International Science-Fiction Festival of Nantes, Utopiales. Chaired by Pierre Bordage (author), then Roland Lehoucq (CEA). “

Invited talks and lectures

Software

  • “Since 2010: co-supervisor (with Karen Reid) of MarkUs, a free software to grade and annotate students’ papers
  • 2004-2007: contributor to Roméo, a free software tool to analyze time extensions of Petri nets”

Administrative committee

  • “Since 2014/10: elected member (“membre élu”) of Board of Governors of École Centrale de Nantes
  • 2010-2014: elected member (“membre élu”) of Studies Council of École Centrale de Nantes
  • Since 2010/09: ex-officio member (“membre de droit”) of the extended Board of Direction of École Centrale de Nantes “

Supervision

PhD students

Current PhD students

  • Simon (J.) Carolan, “Towards augmented learning in science and engineering in higher education”
    Since 2012/09/01
    Co-supervised (30%) with Francisco Chinesta (dir.), Christine Evain and Guillaume Moreau.
    Funding: École Centrale de Nantes grant dedicated to prioritary research projects
    Related publications: 2 international conferences [Car2014, Car2013a], 1 national conference [Car2013b]
  • Emna Ben Abdallah, “Analysis of behavioral characteristics and perturbations in biological regulatory networks”
    Since 2014/09/01
    Co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux.
    Funding: EU-METALIC grant (European Erasmus Mundus Programme grant)

Former PhD student

  • Maxime Folschette, “Modélisation algébrique de l’évolution et de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique”,
    Started on 2011/09/01, defended on 2014/10/08.
    Co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux
    Funding: MESR grant (French Ministry of Higher Education and Research grant)
    Related publications: 2 international conferences [Fol2012, Fol2013]
  • Loïc Paulevé, “Modélisation, Simulation et Vérification des Grands Réseaux de Régulation Biologique”
    Started on 2008/10/01, defended on 2011/10/06.
    Co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux
    Current situation: CNRS researcher at LRI, Paris, France.
    Related publications: 3 journal papers [Pau2012, Pau2011a, Pau2011b], 1 international conference [Pau2010]

Master students

Current Master students

  • Xinwei Chai, “Analyzing key components in dynamical multi-scale modelling of large biological regulatory networks”, since 2014/09/01, co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux

Former Master students

  • Bertrand Miannay, “Modeling of signaling pathways in cancer through constraints programming”, defended on 2014/09/11, co-supervised (30%) with Carito Guziolowski (40%) and Stéphane Minvielle (30%).
  • Anne-Laure Kabalu, “Design and implementation of a MOOC in engineering”, defended on 2014/09, co-supervised (50%) with Simon (J.) Carolan.
  • Maxime Folschette, “Application de la logique de Hoare pour la détermination des paramètres de délai dans un système de régulation génique”, defended on 2011/09/01, co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux. Currently PhD Student at IRCCyN, Nantes.
  • Mylène Maurin, “Contribution à l’analyse stochastique des systèmes évolutionnaires : Application à la régulation génique et utilisation du pi-calcul”, defended on 2009/06/25, co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux. Currently R&D engineer at GECEM, Paris.
  • Gilles Benattar, “Logiques temporelles dédiées à la vérification de réseaux de Petri à chronomètres en temps discret” defended on 2007/09/18, co-supervised (50%) with Olivier (H.) Roux. Currently R&D engineer at ClearSy, Paris.
  • Charlotte Seidner, “Mise en oeuvre d’une traduction préservant la bisimulation d’un modèle d’architecture fonctionnelle de haut niveau vers les réseaux de Petri temporels” defended on 2006/09/20, co-supervised (50%) with Olivier (H.) Roux. Currently Associate Professor at IUT de Nantes.

Research engineers

  • Anne-Céline Grolleau, e-learning engineer at École Centrale de Nantes (2012/09/01-2013/10/12), supervised at 100%. Currently e-learning engineer at Université de Nantes.

Internship students

This part includes only the internships I supervised as a host, not as a teacher.

  • Ghislain Guiot (L3 student), “Improvements of the MarkUs tool” (2013/04/28-2013/08/31), co-supervised (50%) with Benjamin Vialle.
  • Maxime Rochemir (L2 student), “Implementation of a tool to translate gene regulatory networks into Petri nets”, co-supervised (50%) with Olivier (F.) Roux.

Students with part-time jobs

“Since 2010, École Centrale de Nantes gives the possibility to students to get a part-time job (10 hours per week) in the institution. I supervised many students all along the years in order to support e-learning activities:

  • Malik Boussjera (2013/07-2014/02), “Design and development of an e-clicker web application”, co-supervised (50%) with Guillaume Moreau
  • Benjamin Vialle (2010/10/01-2011/03/31), Julien Debon (2011/10/01-2012/03/31), Antoine Veret (2012/10/01-2013/03/31), Thomas Crevoisier (2013/10/01-2014/03/31): “Technical support for the 80 Tablets PC dedicated to e-learning”, all supervised at 100%.
  • Antoine Richard (2011/02-2011/04; 2011/10-2012/03), “Implementation of the Podcast Producer infrastructure”, supervised at 100%. “

Publications

International (peer-reviewed) journals

  1. T. Ribeiro, M. Magnin, K. Inoue, and C. Sakama. Learning Delayed Influences of Biological Systems. In Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2, 81. 2015.
  2. M. Folschette, L. Paulevé, K. Inoue, M. Magnin, and O.F. Roux. Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models. In Theoretical Computer Science, 2014.
  3. L. Paulevé, M. Magnin, and O.F. Roux. Static analysis of biological regulatory networks dynamics using abstract interpretationMathematical Structures in Computer Science, 22(04):651-685, 2012.
  4. L. Paulevé, M. Magnin, and O.F. Roux. Refining Dynamics of Gene Regulatory Networks in a Stochastic π- Calculus Framework. In Corrado Priami, Ralph-Johan Back, Ion Petre, and Erik de Vink, editors, Transactions on Computational Systems Biology XIII, volume 6575 of Lecture Notes in Computer Science, pages 171-191. Springer Berlin / Heidelberg, 2011.
  5. L. Paulevé, M. Magnin, and O.F. Roux. Tuning Temporal Features within the Stochastic π-Calculus.IEEE Transactions on Software Engineering, 37(6):858-871, 2011.
  6. M. Magnin, P. Molinaro, and O.H. Roux. Expressiveness of Petri Nets with Stopwatches. Discrete-time part. Fundamenta Informaticae, 97(1-2):139-176, 2009.
  7. M. Magnin, P. Molinaro, and O.H. Roux. Expressiveness of Petri Nets with Stopwatches. Dense-time part. Fundamenta Informaticae, 97(1-2):111-138, 2009.

National (peer-reviewed) journals

  1. M. Magnin, and G. Moreau. Utilisation des tests de concordance de scripts pour l’évaluation en informatique, Sciences et Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Éducation et la Formation, Vol. 8, December 2011.

Book chapters

  1. L. Paulevé, C. Chancellor, M. Folschette, M. Magnin, and O. Roux. Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting.. In Logical Modeling of Biological Systems, pages 125-166. Wiley, 2014.
  2. G. Moreau, M. Servières, J.M. Normand, and M. Magnin. Challenges of Image-Based Crowd-Sourcing for Situation Awareness in Disaster Management. In Improving Disaster Resilience and Mitigation-IT Means and Tools, Teodorescu, H.N. ; Kirschenbaum, A. ; Cojocaru S. & Bruderlein, C. (Eds), pages 103-118. NATO Science for Peace and Security Series C: Environmental Security, Springer, 2014.
  3. A. David, G. Behrmann, P. Bulychev, T. Chatain, K.G. Larsen, P. Pettersson, J. Rasmussen, W. Yi, D. Lime, M. Magnin, O. H. Roux and L.M. Traonouez. Tools for Model-Checking Timed Systems. In Communicating Embedded Systems – Software and Design, pages 165-225. ISTE Publishing / John Wiley, 2009.
  4. A. David, G. Behrmann, K.G. Larsen, P. Pettersson, J. Rasmussen, W. Yi, D. Lime, M. Magnin and O. H. Roux. Outils pour l’analyse des modèles temporisés. In Approches formelles des systèmes embarqués communicants. Traité IC2, Hermes Lavoisier, 34 pages, 2008.

International (peer-reviewed) conferences and workshops

  1. S. Carolan, M. Magnin and A-L. Kabalu. Sparking a Digital. Revolution: Digital Educational Tools in Fragile and Emerging Learning Contexts. In the 1st International Conference dedicated to Digital Society and Cultures (DI’2014). Nantes, France, September 2014.
  2. T. Ribeiro, M. Magnin, and K. Inoue. Learning Delayed Influence of Dynamical Systems From Interpretation Transition. In the 24th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP’2014), short paper (6 pages), Nancy, France, September 2014.
  3. S. Carolan, F. Chinesta, C. Evain, M. Magnin, et G. Moreau. Extracting domain ontologies from reference books. Proceedings of the 14th IEEE International Conference on Advanced Learning Techonologies (ICALT 2014)., Athènes, Grèce. July 2014.
  4. S. Carolan, M. Magnin, and J-M. Gilliot. Engineering MOOCs for Future Engineers: Integrating MOOCs into Formal Learning Environments. Proceedings of the 2nd MOOC European stakeholders summit (EMOOCs 2014 – acceptance rate: 52%). Lausanne, Switzerland. February 2014.
  5. C. Chancellor, A. Ammar, F. Chinesta, M. Magnin, and O. Roux. Linking Discrete and Stochastic Models: the Chemical Master Equation as a bridge between Process Hitting and PGD. In Computational Methods in Systems Biology (CMSB’2013), Klosterneuburg, Austria. September 2013.
  6. N. Schwind, M. Magnin and K. Inoue. Resilience of Event-Driven Dynamic Systems. In the 27th Annual Conference on Japanese Society of Artificial Intelligence (JSAI 2013). International Track. 8 pages. Toyama, Japan. June 2013.
  7. M. Folschette, L. Paulevé, M. Magnin, and O. Roux. Under-approximation of reachability in multivalued asynchronous networks. In the 4th International Workshop on Interactions between Computer Science and Biology (CS2Bio 2013). 12 pages. Florence, Italy. June 2013.
  8. S. Carolan, F. Chinesta, C. Evain, M. Magnin, and G. Moreau. Towards Augmented Learning in Science and Engineering in Higher Education. Proceedings of the 13th IEEE International Conference on Advanced Learning Techonologies. Beijing, China. July 2013.
  9. M. Folschette, L. Paulevé, K. Inoue, M. Magnin, and O.F. Roux. Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks. In D. Gilbert and M. Heiner, editors, Computational Methods in Systems Biology (CMSB’2012 – acceptance rate: 37%), Lecture Notes in Computer Science, 166-186. Springer Berlin Heidelberg, October 2012, London, United Kingdom.
  10. M. Folschette, L. Paulevé, K. Inoue, M. Magnin, and O. Roux. Abducing Biological Regulatory Networks from Process Hitting models. ECML-PKDD 2012 Workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology. September 2012, Bristol, United Kingdom.
  11. M. Magnin, G. Moreau, N. Varoquaux, B. Vialle, K. Reid, M. Conley and S. Gehwolf. MarkUs, an open-source web application to annotate student papers on-line. Proceedings of the ASME 11th Biennial Conference On Engineering Systems Design And Analysis (ESDA 2012). July 2012, Nantes, France.
  12. C. Evain, S. Carolan and M. Magnin. Promoting science and engineering to Generation Z. Proceedings of the ASME 11th Biennial Conference On Engineering Systems Design And Analysis (ESDA 2012). July 2012, Nantes, France.
  13. L. Paulevé, M. Magnin, and O.F. Roux. Abstract Interpretation of Dynamics of Biological Regulatory Networks. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 272:43-56, 2011. Proceedings of The First International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2010).
  14. M. Maurin, M. Magnin and O.F. Roux. Modeling of Genetic Regulatory Network in Stochastic pi-Calculus. In the 1st International Conference on Bioinformatics and Computional Biology (BiCob 2009 – acceptance rate: 41.7%), vol. 5462 of Lecture Notes in Computer Science, pp. 282-294, New Orleans, USA, April 2009.
  15. M. Magnin, D. Lime, and O.H. Roux. Symbolic state space of stopwatch Petri nets with discrete-time semantics. In The 29th International Conference on Application and Theory of Petri Nets and other models of concurrency (ICATPN 2008 – acceptance rate: 29%), volume 5062 of Lecture Notes in Computer Science, pages 307-326, Xi’an, China, June 2008. Springer.
  16. M. Magnin, P. Molinaro and O.H. Roux. Decidability, expressivity and state-space computation of Stopwatch Petri nets with discrete-time semantics. In the 8th International Workshop on Discrete Event Systems (WODES 2006), Ann Arbor, USA, july 2006.
  17. M. Magnin, D. Lime and O.H. Roux. An efficient method for computing exact state space of Petri nets with stopwatches. In the 3rd International Workshop on Software Model-Checking (SoftMC 2005), Edinburgh, Scotland, UK, july 2005. Elsevier. [présentation]
  18. G. Gardey, D. Lime, M. Magnin and O.H. Roux. Roméo: A Tool for Analyzing Time Petri NetsIn the 17th International Conference on Computer-Aided Verification (CAV 2005), Edinburgh, Scotland, UK, july 2005. Copyright Springer-Verlag

National (peer-reviewed) conferences

  1. S. Carolan, M. Magnin, J-M. Gilliot, A-C. Grolleau, et C. Vaufrey. Un MOOC et ses partenaires : replacer l’humain dans le massif. Retour d’Expérience (ReX). In the 9ème Colloque International Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement (TICE 2014), Novembre 2014, Béziers.
  2. S. Carolan et M. Magnin. Le MOOC et la motivation : les élèves face à une formation autogérée. In the 6ème Conférence Environnements Informatiques pour l’Apprentissage Humain (EIAH 2013), Atelier MOOC. 10 pages. Toulouse, France, Mai 2013.
  3. J-M. Gilliot, A-C. Grolleau, M. Magnin et C. Vaufrey. ITyPA, un premier MOOC francophone et connectiviste. Colloque Questions de pédagogie dans l’enseignement supérieur (QPES 2013), Université de Sherbrooke, Juin 2013.
  4. M. Magnin, G. Moreau, V. Tourre, N. Varoquaux et B. Vialle. Apports de l’application web libre MarkUs dans le processus de correction de travaux en informatique. Retour d’Expérience (ReX – taux d’acceptation : 60%). In the 8ème Colloque International Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement (TICE), 10 pages, Lyon, Décembre 2012.
  5. M. Magnin. Les interfaces entre le manga et la société japonaise : renforcer l’utopie pour affronter la crise. In the 4èmes Rencontres Internationales Jules Verne, 6 pages, Nantes, Novembre 2012.
  6. M. Magnin and G. Moreau. La professionnalisation des étudiants en informatique par les projets libres. Colloque Questions de pédagogie dans l’enseignement supérieur (QPES 2011), 6 pages, Angers, Juin 2011. [présentation]
  7. M. Magnin and G. Moreau. Utilisation des Tests de Concordance de Scripts pour l’évaluation en informatique. Communication scientifique (ComSci – taux d’acceptation : 24%). In the 7ème Colloque International Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement (TICE), 8 pages, Nancy-Metz, Décembre 2010. [présentation]
  8. C. Evain, M. Magnin and G. Moreau. Diffuser les bonnes pratiques autour de l’usage des blogs en pédagogie. Retour d’Expérience (ReX – taux d’acceptation : 71%). In the 7ème Colloque International Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement (TICE), 8 pages, Nancy-Metz, Décembre 2010. [présentation]
  9. M. Magnin and G. Moreau. Retour sur l’usage de Tablet PC à l’Ecole Centrale de Nantes : autonomie et initiatives. Retour d’Expérience (ReX – taux d’acceptation : 71%). In the 7ème Colloque International Technologies de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement (TICE), 8 pages, Nancy-Metz, Décembre 2010. [présentation]
  10. C. Seidner, JP. Lerat, O.H. Roux and M. Magnin. Vérification dynamique et formelle d’un système décrit par son architecture fonctionnelle à l’aide de réseaux de Petri temporels : promesses et perspectives. In the 4th AFIS Conference, may 2006, Toulouse, France.

Invited courses

  1. Computational Approaches to Analyze Complex Dynamic Systems : Model-Checking and its Applications. NII International advanced lectures series on ICT: series of 4 lectures of 2 hours in Spring 2013 at National Institute of Informatics, , Tōkyō, Japan
  2. Lecture 1: Model checking of discrete event systems (Mar. 21, 2013)
  3. Lecture 2: Model-checking of timed transitions systems: timed and hybrid automata, and temporal logics (Apr.3, 2013)
  4. Lecture 3: Model-checking of timed transitions systems: timed extensions of Petri nets (Time Petri nets, Stopwatch Petri nets) (Apr. 10, 2013)
  5. Lecture 4: Models and algorithms to analyze large-scale concurrent systems: approaches inspired by pi-calculus and static analysis (Apr. 17, 2013)
  6. Usage pédagogique des médias et réseaux sociaux dans le supérieur. 1-day and a half course at PRES UEB, Rennes, France, Novembre 2012.
  7. Twitter, Google+ et compagnie : comment tirer profit des dynamiques des réseaux sociaux pour soutenir l’apprentissage ? 4-hours tutorial at Printemps d’UNIT 2012, Nantes, France, Mai 2012.
  8. Modélisation du temps pour la vérification des systèmes dynamiques (joint course with Damien Eveillard and Olivier (F.) Roux). École Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique 2012, Rennes, France, Mars 2012.

Invited talks

  1. Parametric model-checking to assess resilience properties of oscillatory biological systems. Invited talk at Workshop for Computational Techniques for Sustainability and Resilience in Ishigaki, Japan, March 2015 (Sun. 2015/03/01).
  2. Benefits of parametric model-checking to assess the resilience of mammalian circadian rhythm. Invited talk at NII Shonan Meeting on Systems Resilience, Japan, February 2015 (Tue. 2015/02/23).
  3. Analyzing the resilience of mammalian circadian rhythm through parametric model-checking. Invited talk at The 7th International Workshop on Information Systems for Social Innovation 2015, Tôkyô, Japan, February 2015 (Tue. 2015/02/16).
  4. Analyzing regulation thanks to a concurrent dynamic framework: the Process Hitting. Invited talk at Kyoto University Bioinformatics Center, Kyoto, Japan, February 2015 (Fri. 2015/02/06).
  5. Analyzing the dynamics of concurrent systems thanks to model-checking based approaches. Invited talk at Center for Information and Neural Networks (CiNet), NICT, Osaka, Japan, January 2015 (Fri. 2015/01/09).
  6. Analyzing the Dynamics of Large-Scale Concurrent Systems with Process Hitting. Invited talk at Meeting on Abductive and Inductive Reasoning, Wakayama University, Wakayama, Japan, December 2014 (Tue. 2014/12/16).
  7. Why Model-Checking is Significant for Biology?. Invited talk at KUBIC-NII Joint Seminar on Bioinformatics 2014, Kyoto University, Japan, November 2014 (Mon. 2014/11/17).
  8. Towards the use of Process Hitting to process biological observations inconsistent with background knowledge (joint talk with Maxime Folschette and Yoshitaka Yamamoto). Invited talk at the NII-Yamanashi-LRI Workshop, LRI, Orsay, France, October 2014 (Mon. 2014/10/06).
  9. Resilience in the mammalian circadian clock. Invited talk at Systems Resilience Workshop, Karuizawa, Japan, September 2014 (Mon. 2014/09/01).
  10. Challenges of model-checking of hybrid systems. Invited Talk at 5th CSPSAT2 meeting in Kobe University, Rokko campus, Japan, August 2014 (Thu. 2014/08/21).
  11. Analyzing the Dynamics of Large Biological Regulatory Networks with Process Hitting. Invited talk at Yamanashi University, Kofu, Japan, June 2014 (Wed. 2014/06/18).
  12. Towards the analysis and inference of large biological models (joint talk with Maxime Folschette). Invited talk at the 5th JFLI-NII-LRI Workshop on Formal Approaches for Modeling and Analyzing Biological Networks, LRI, Orsay, France, October 2013 (Thu. 2013/10/10).
  13. Formal methods for the inference of discrete and timing parameters in large-scale dynamic systems. Invited talk at the Japanese French Laboratory for Informatics (JFLI), Tôkyô, Japan, May 2013 (Thu. 2013/05/09).
  14. Inference in Biological Regulatory Networks: From Discrete Parameters to Timing Information. Invited talk at KUBIC-NII Joint Seminar on Bioinformatics 2013, Kyoto University, Japan, April 2013.
  15. Formal Models for the Inference of Time Delay Parameters in Biological Regulatory Networks. Invited talk at Inoue Laboratory, National Institute of Informatics (NII), Japan, January 2013.
  16. Modèles pour l’inférence des paramètres temporels et stochastiques des réseaux de régulation biologiques (joint work with Loïc Paulevé and Olivier (F.) Roux). Séminaire à l’I3S, Nice, France, novembre 2009.
  17. À la recherche de méthodes efficaces pour la vérification de réseaux de Petri à chronomètres en temps discret (joint work with Didier Lime, Pierre Molinaro et Olivier (H.) Roux). Journée AFSEC “Structures de données pour l’analyse des Réseaux de Petri”, France, octobre 2008.
  18. À la recherche de méthodes efficaces pour la vérification de réseaux de Petri à chronomètres en temps discret (joint work with Didier Lime, Pierre Molinaro et Olivier (H.) Roux). Séminaire au LSV, Cachan, France, mai 2008.
  19. Méthode symbolique pour le calcul de l’espace d’états des réseaux de Petri à chronomètres en temps discret (joint work with Didier Lime, Pierre Molinaro et Olivier (H.) Roux). Séminaire aux journées STP du GDR MACS, Roanne, France, mars 2008.
  20. À la recherche de méthodes efficaces pour la vérification de réseaux de Petri à chronomètres en temps discret (joint work with Didier Lime, Pierre Molinaro et Olivier (H.) Roux). Séminaire au LISTIC, Annecy, France, mars 2008.
  21. Time Petri nets with stopwatches: discrete-time or dense-time? (joint work with Didier Lime, Pierre Molinaro et Olivier (H.) Roux) Séminaire au LaBRI, Bordeaux, France, octobre 2006.

Workshops

  1. S. Carolan, M. Magnin, C. Evain, G. Moreau, F. Chinesta. Developing models for enhanced learning in engineering. 6th Research Centrale-Beihang Workshop. Lille. December 2012.
  2. M. Magnin M., A-C. Grolleau, J-M. Gilliot, C. Vaufrey. Illustration of the impact of Massive Online Open Courses (MOOC) in Higher Education through the implementation of the ITyPA course. 6th Research Centrale-Beihang Workshop. Lille. December 2012.

Technical reports

  1. L. Paulevé, M. Magnin, and O.F. Roux. Refining Dynamics of Gene Regulatory Networks in a Stochastic pi-Calculus Framework. Research Report hal-00397235, June 2009.
  2. L. Paulevé, M. Magnin, and O.F. Roux. Tuning Temporal Features within the Stochastic pi-Calculus. Research Report hal-00397308, June 2009.
  3. M. Magnin, P. Molinaro and O.H. Roux. How to deal efficiently with Petri nets with stopwatches in discrete-time? IRCCyN Technical report number R2006_1, 2006.
  4. M. Magnin, D. Lime and O.H. Roux. Improved algorithm for computing exact state space of Petri nets with stopwatches. IRCCyN Technical report number R2005_15, 2005.

Other publications

Theses

  1. M. Magnin. Réseaux de Petri à chronomètres : temps dense et temps discret. PhD thesis, defended December, 13th 2007, École Centrale de Nantes, France.
  2. M. Magnin. Vérification de réseaux de Petri temporels étendus à l’aide de polyèdres. Master thesis, defended in September 2004, Ecole Centrale de Nantes, France.

Talks

  1. M. Magnin. Intervenant à la conférence débat Savoir et connaissance, qu’est-ce que le numérique change ? du Conseil Économique, Social et Environnemental (CESER) de la Région Pays de la Loire. Juillet 2013.
  2. M. Magnin, J-M. Gilliot, A-C. Grolleau et C. Vaufrey. Les MOOC et ITyPA. Séminaire de la Fédération Interuniversitaire de Formation à Distance (FIED). Université Pierre et Marie Curie, Paris. Janvier 2013.
  3. M. Magnin et G. Moreau. Quel intérêt pour les réseaux sociaux en pédagogie ? Matinée du e-Learning à l’EM Lyon, Lyon, Février 2012.
  4. M. Magnin, G. Moreau, N. Varoquaux et B. Vialle. Développement de modules au sein des logiciels libres OpenOffice.org et MarkUs à l’École Centrale de Nantes. Journée Logiciels Libres et Enseignement Supérieur à l’INRIA-IRILL. Paris, Février 2012.
  5. B. Vialle, M. Magnin et G. Moreau. MarkUs, un logiciel libre pour l’annotation du code et des travaux rendus par les étudiants en informatique. Journée Syntec-Ingénierie « Les pratiques pédagogiques qui forment l’ingénieur innovant ». Paris, Septembre 2011.
  6. M. Magnin et G. Moreau. Un nouvel outil pour l’évaluation des compétences des étudiants : les tests de concordance de scripts. Journée Syntec-Ingénierie « Les pratiques pédagogiques qui forment l’ingénieur innovant ». Paris, Septembre 2011.
  7. M. Magnin et G. Moreau. Quel intérêt pour les réseaux sociaux en pédagogie ? Usage de Twitter à l’École Centrale de Nantes. Journée Syntec-Ingénierie « Les pratiques pédagogiques qui forment l’ingénieur innovant ». Paris, Septembre 2011.
  8. M. Magnin. Quel intérêt pour les réseaux sociaux en pédagogie ? Exposé au groupe Fuscia Social Learning. Juillet 2011.
  9. M. Magnin, C. Delafargue, G. Moreau, N. Varoquaux et B. Vialle. Retour d’expérience sur le déploiement à Centrale Nantes d’une application web d’annotation du code des étudiants : MarkUs. 12e Rencontres Mondiales du Logiciel Libre. Strasbourg, juillet 2011.
  10. B.Vialle, N. Varoquaux, C. Delafargue et M. Magnin. Contribution des Étudiants de l’École Centrale de Nantes à MarkUs, un projet libre. 12e Rencontres Mondiales du Logiciel Libre. Strasbourg, juillet 2011.
  11. C. Delafargue, M. Magnin, N. Varoquaux et B. Vialle. Développement du module d’annotation dans Office Impress. 12e Rencontres Mondiales du Logiciel Libre. Strasbourg, juillet 2011.
  12. C. Delafargue, M. Magnin, N. Varoquaux et B. Vialle. Le cercle vertueux de la participation d’étudiants à des projets libres. 12e Rencontres Mondiales du Logiciel Libre. Strasbourg, juillet 2011.
  13. M. Magnin, G. Moreau et B. Vialle. MarkUs, un logiciel libre pour l’annotation du code et des travaux rendus par les étudiants en informatique. Séminaire Vivaldi. Le Mans, Avril 2011.
  14. M. Magnin, G. Moreau et B. Vialle. Le Tablet PC : l’alliance de l’écriture manuscrite avec les fonctionnalités du numérique au service d’un cartable électronique. Séminaire Vivaldi. Le Mans, Avril 2011.
  15. C. Colin, S. Lorenzo, M. Magnin et G. Moreau. Un nouvel outil pour l’évaluation des compétences des étudiants : les tests de concordance de scripts. Séminaire Vivaldi. Le Mans, Avril 2011.
  16. M. Magnin. Usage de l’iPad en enseignement et en apprentissage. Réunion des correspondants TICE de la CRGE Pays de la Loire, Angers, France, juin 2010.
  17. M. Magnin and G. Moreau. Un nouvel outil pour l’évaluation des compétences en informatique dans une démarche compétence : les tests de concordance de scripts. Réunion des correspondants TICE de la CRGE Pays de la Loire, Angers, France, juin 2010.
  18. Interview lors du 1er Printemps de l’Enseignement et de l’Apprentissage de Morgan Magnin : Des Tablets PC à l’École Centrale de Nantes. Nantes, France, mai 2010.
  19. M. Magnin and G. Moreau. Tablets PC à Centrale Nantes : bilan d’une année d’utilisation. Assemblée Générale des enseignants de l’École Centrale de Nantes, France, septembre 2009.
  20. M. Magnin. Réseaux sociaux et pédagogie. Réunion des correspondants TICE de la CRGE Pays de la Loire, Nantes, France, octobre 2009.
  21. M. Magnin, Eric Bachard. Enjeux et recommandations pour la contributions d’étudiants en informatique dans les projets libres. Rencontres Mondiales du Logiciel Libre, Nantes, France, juillet 2009.
  22. M. Magnin. Tests de concordance de scripts. Réunion des correspondants TICE du groupe des École Centrale, Nantes, France, juin 2009.
  23. M. Magnin. Intervenant au 9ème Festival International de Science-Fiction : Le savoir en réseaux. Cité Internationale des Congrès de Nantes, France, octobre 2008.
  24. M. Magnin. Intervenant à la 5ème Matinée du CRITE : L’enseignant au cœur de la collaboration avec une équipe pluridisciplinaire de production. École des Mines de Nantes, France, janvier 2006.

Posters

  1. M. Magnin and G. Moreau. Most complex systems with simplest tools. Poster for the HP Technology for Teaching Worldwide Education conference, San Diego, February 2009.
  2. M. Magnin. Comment vérifier a priori le bon fonctionnement des systèmes électroniques et informatiques dans une voiture ? Poster pour une exposition grand public aux Champs Libres de Rennes, Rennes, France, mai 2006.
  3. M. Magnin, J-P. Elloy, P. Molinaro and O.H. Roux. Why discrete-time Petri nets with stopwatches ? Poster for the 6th PhD Students JDOC meetings, St Nazaire, april 2006.

Medias

  1. Radio programme “L’heure Centralienne” : About bioinformatics and systems biology, 2011/06.

Education

  • 2007: PhD thesis in Automatics and Applied Computer Science, Université de Nantes, École Centrale de Nantes, defended December, 13th 2007
  • 2004: Master thesis in Automatics and Applied Computer Science, École Centrale de Nantes
  • 2004: Engineer diploma, major: Computer Science, École Centrale de Nantes

Languages skills

  • French: Mother tongue
  • English: Fluent. First Certificate in English of Cambridge University
  • Japanese: Proficient writing and reading; basic speaking. Japanese Language Proficiency Test N4
  • German: Proficient writing and reading; basic speaking. Zentrale Mittelstufenprüfung of Goethe Institut